Många vattenorganismer är beroende av vilka ljusförhållanden som råder och det är vattnets färg (innehåll av humusämnen) och grumlighet (innehåll av partiklar) som påverkar hur djupt ned i vattnet som solljuset förmår att tränga ned.
Många vattenorganismer är beroende av vilka ljusförhållanden som råder och det är vattnets färg (inneål av humusämnen) och grumlighet (innehåll av partiklar) som påverkar hur djupt ned i vattnet som solljuset förmår att tränga ned.
Vattnets färg utgörs av de lösta ämnen (i huvudsak humusämnen) som återfinns i ett vatten som har silats genom ett filter med en porstorlek på 45 µm. Vattenfärgen bestäms sedan genom absorbansmätningar vid våglängden 420 nm och är ett mått på hur mycket ljus som fångas upp (absorberas) av de lösta ämnen som finns i det filtrerade vattnet. Halten av humusämnen stiger med ökande inslag av mossar och myrar. Humus tillförs dessutom från skogsmarker och tillförseln ökar i samband med dikning. Olika kemiska, fotokemiska och biologiska processer bryter ned humus och leder till en viss avfärgning. Detta medför att vatten avfärgas mer än i sjöar med lång uppehållstid än i dem med kort uppehållstid. Humusämnen är en viktig kolkälla men beroende på dess ursprung kan kvaliteten variera avsevärt. Humus har dessutom förmåga att komplexbinda metaller och därigenom minska giftigheten hos vissa av dem.
Grumligheten (turbiditet) utgörs av den mängd partiklar som fastnar i de filter (med porstorlek 45 µm) som vattnet silas igenom innan vattenfärgen bestäms (se ovan). I Fyrisån bedöms vattnets grumlighet genom att mäta vikten på varje filter och därefter beräkna vattnets slamhalt, dvs vattnets koncentration av partiklar. Slammet består framför allt av ler och organiskt material. I rinnande vatten orsakas en hög grumlighet ofta av lerpartiklar (oorganiskt material) till följd av erosion medan den i sjöar ofta utgörs av organsikt material (t.ex. plankton). Partiklar har högre densitet än lösta ämnen vilket gör att de sedimenterar snabbare. Provtagningspunkter belägna nedströms sjöar har som regel låga slamhalter eftersom partiklarna sedimenterar i sjön. I Fyrisån är det små förutsättningar för partiklarna att sedimentera eftersom Fyrisåns avrinningsområde är ett sjöfattigt system. Däremot finns många kvarn- och sågverksdammar som behöver grävas ur emellanåt för att inte slamma igen.