Allmänt om Fyrisåns avrinningsområde
Fyrisån är en slättlandså. Avrinningsområdet har utdikats i stor omfattning sedan mitten av 1800-talet, eftersom ny mark behövdes för jordbruksändamål. Rastsjön, som ligger på gränsen till Östhammars kommun, brukar räknas som Fyrisåns källsjö. Fyrisån rinner i nord-sydlig riktning och uppströms Uppsala mynnar biflödena Vendelån, Björklingeån och Jumkilsån i nämnd ordning. Sävjaån mynnar i Fyrisån nedströms Uppsala. Sävjaåns avrinningsområdet utgör ca 35 % av hela avrinningsområdets yta. Nedan följer en kort beskrivning av förhållandena uppströms respektive provtagningspunkt.
Området uppströms provtagningspunkten i Vattholmaån vid Vattholma
Vattholmaån avvattnar Fyrisåns östra källområde och rinner samman med vattnet från det västra källområdet (Vendelån) nedströms Vattholma samhälle. Syrgashalterna är allmänt låga och sjunker ofta till nära noll under vintern. Vid syrefria förhållanden i ån bildas illaluktande gaser, vilket ofta noteras utmed ån under senvintern
Området uppströms provtagningspunkten i Vendelån vid Lena Kyrka
Vendelån är Fyrisåns västra källområde (Vattholmaån från det östra källområdet). Området ned till Vendelsjöns utlopp har en yta av 199 km2, där skogsmark täcker 73 % av ytan och åker- och ängsmark 21 % av ytan. Nedströms Vendelsjöns utlopp till Lena kyrka dominerar åker- och ängsmark. Uppsala kommun har vattendom på att överleda vatten från Tämnarån till Vendelån för att täcka kommunens uttag av konsumtionsvatten
Området uppströms provtagningspunkten i Björklingeån vid Rosta kvarn
Björklingeån mynnar i Fyrisån ca 4 km norr om Gamla Uppsala. Tillrinningsområdets övre del, Bälinge mossar, anses vara väl utdikat. Vattenföringen varierar mellan 0,07 – 3,0 m3/s med ett medelflöde på 0,8 m3/s.
Området uppströms provtagningspunkten i Jumkilsån vid Broby
Jumkilsån mynnar i Fyrisån vid Uppsala flygflottilj F16. I nedre delen av Jumkilsån har vattnet bildat djupa raviner. Vattenföringen varierar mellan 0,07 – 4,4 m3/s med ett medelflöde på 1,1 m3/s.
Området uppströms provtagningspunkten i Fyrisån vid Klastorp
Klastorp ligger några 100 meter nedströms Jumkilsåns utlopp i Fyrisån men uppströms Uppsala flygplats. Medelvattenföringen är cirka 9 m3/s.
Området uppströms provtagningspunkten i Funboån-Sävjaån vid Kuggebro
Sävjaån mynnar i Fyrisån nedströms Uppsala. Området anses vara väl utdikat, vilket medför att det blir en snabb avrinning i samband med regn. Vattnet är starkt färgat men klarare än vid punkterna längre upp i vattenområdet. Skillnaden beror på att området är mycket flackt och att partiklarna sedimenterar på vägen ned till Kuggebro.
Området uppströms provtagningspunkten i Fyrisån vid Flottsund
Fyrisån mynnar i Ekoln vid Flottsund. Höjdskillnaden mellan den högsta punkten, nära Östfora i Jumkilsån, och mynningspunkten är 115 meter. Vattenföringen som rinner vid Flottsund varierar mellan 0,08 – 44 m3/s med en medelvattenföring på 14 m3/s (källa: SMHI).
I tabell 1 redovisas den huvudsakliga markanvändningen i avrinningsområdena uppströms respektive provtagningspunkt i Fyrisån. Uppgifterna är baserade på GSD Röda Kartan från Lantmäteriverket. Övriga uppgifter är hämtade ur Vatten i Uppsala län.
| Yta km2 | Vatten | Barrskog | Lövskog | Hygge | Åker | Övr. öppen mark | Tätort | Övrigt | |
| Vattholmaån, Vattholma | 294 | 7 | 191 | 1,5 | 15 | 28 | 16,6 | 0 | 34 |
| Vendelån, Lena | 384 | 3,2 | 205 | 1,4 | 23 | 105 | 27,5 | 0 | 19 |
| Björklingeån, Rosta | 208 | 2,5 | 101 | 0,1 | 10 | 50 | 13,6 | 0 | 31 |
| Jumkilsåns, Broby | 206 | 2,5 | 104 | 0,3 | 8 | 51 | 14,9 | 0 | 25 |
| Fyrisåns, Klastorp | 1194 | 16 | 631 | 3,3 | 59 | 286 | 82,9 | 0 | 116 |
| Sävjaån, Kuggebro | 725 | 9,6 | 381 | 1 | 37 | 174 | 52,2 | 0 | 70 |
| Fyrisån, Flottsund | 2006 | 26 | 1033 | 4,5 | 96 | 487 | 153,4 | 1,1 | 205 |
Tabell 1. Markanvändning inom respektive område. Källa: Lantmäteriverket 1995, ur GSD Röda kartan